Durante los siglos de dominación española, la educación no fue, como regla general, un área de gestión gubernamental.  La enseñanza se impartía aquí, al igual que en Europa, a través de escuelas religiosas o privadas, o se proveía por tutores a hijos de familias acomodadas.

No fue hasta  el 1865 cuando se organizó en el pais un Sistema de Educación Pública por decreto del gobernador.  La orden estructuró los programas de enseñanza, estableció los requisitos para ejercer el magisterio y asignó a los municipios la obligación de sostener las escuelas.

Las escuelas públicas que se establecieron entonces operaban por lo general en la casa del maestro y agrupaban entre quince y treinta niños de un mismo sexo.  Su pedagogía, rudimentaria por la preparación limitada de los maestros, consistía en memorizar cartillas y aprender las respuestas que éstas prescribían para preguntas que el alumno debía contestar al completar los cursos.  La memorización se conseguía mediante la repetición en voz alto y a coro.

El decreto de 1865 dispuso 0 6 010 SDE AHDEPR Int SelloDE Min.jpgla enseñanza obligatoria para todos los niños y niñas de seis a nueve años. Se trataba, desde luego, de un propósito utópico. La falta de maestros y de escuelas, la existencia de una ruralía dispersa e incomunicada; la renuencia a establecer escuelas para niñas, y la debilidad de un erario insular con un 60% de sus recursos comprometidos en presupuestos militares y eclesiásticos no permitieron hacer avances significativos hacia la educación universal pautada en la orden del gobernador.

En el 1897, mediante la Sección Número 45 de la Carta Autonómica, se creó el cargo de Comisionado de Instrucción Pública. Al terminar el gobierno español en 1898, había en la Isla 380 escuelas elementales para varones, 138 para mujeres, 26 escuelas de enseñanza secundaria y una escuela para adultos. El total de escuelas (545) albergaba una población escolar de 47,861 estudiantes. El cambio de soberanía sorprendió a Puerto Rico con un 86% de sus niños sin escuela y con casi un 90% por ciento de su población analfabeta.

El Acta Foraker o Carta Orgánica de 1900, decretada por el Gobierno de los Estados Unidos, creó entre otros departamentos, el de Educación y también el cargo de Comisionado de Educación. La Carta Organica autorizó al Presidente de los Estados Unidos a nombrar a ese funcionario, con el consentimiento del Senado, por un período de cuatro años. Además, estableció que el Comisionado administraría ,el sistema de instrucción pública en toda la Isla, aprobaría los desembolsos y rendiría informes sobre estos aspectos. Para esta época, la organización de las Oficinas Centrales constaba de un Comisionado, un pagador, una secretaria, dos estenógrafos, un oficinista a cargo de los despachos, un mensajero y un conserje.

El 31 de enero de 1901, se aprobó la Ley Escolar Compilada, la cual se puso en vigor el 25 de ese año. Esa Ley estableció que el Comisionado supervisaría la educación, nombraría los supervisores y superintendentes, prepararía y pondría en vigor los cursos de estudio, conduciría los exámenes, prepararía y expediría las licencias o certificados a maestros, seleccionaría y compraría todos los libros, suministros y equipos necesarios, aprobaría los planos para los edificios que se utilizarían como escuelas, solicitaría y recopilaría estadísticas e informes de las juntas escolares municipales y de los supervisores, superintendentes y maestros, y formularía las reglas y los reglamentos necesarios para el buen funcionamiento del Sistema Escolar.

El Acta Jones de 1917 dispuso que el Comisionado prepararía los cursos de estudio, con sujeción a la aprobación del Gobernador; prepararía los reglamentos para la selección de los maestros y aprobaría los nombramientos hechos por las juntas escolares. La organización del Departamento fue variando a medida que crecía el sistema, se expandían las funciones y aumentaba el personal. En 1920, la organización de las Oficinas Centrales se componía de un Comisionado, un Ayudante y tres divisiones: Propiedad y Cuentas, Asuntos Escolares Municipales, y Documentos. Cada una de estas divisiones tenía un director, que respondía directamente al Comisionado.

A partir del 1931, los servicios que se ofrecían a nivel central se enmarcaron en dos clasificaciones generales: administrativos y docentes, dirigidos cada uno por un Subcomisionado. En el 1945, la fase administrativa incluía los negociados de Propiedad y Compras, Asuntos Escolares y Municipales, y Personal. La fase docente estaba compuesta por los negociados de Supervisión, Extensión y Adultos, y Estadísticas e Investigaciones.

En 1949, el Comisionado de Educación fue nombrado por primera vez por el gobernador de Puerto Rico, con el consejo y consentimiento del Senado. Sin embargo, este cambio no afectó las funciones que desempeñaba. Además, durante este año se creó la División de Educación de la Comunidad. Para esta época la organización del nivel central constaba de un Comisionado, dos Subcomisionados (uno a cargo de lo docente y el otro de lo administrativo) y un Primer Oficial Administrativo, á cargo de los asuntos de personal y de planificación. Además, existían ocho divisiones principales: Educación Vocacional, Rehabilitación Vocacional, Finanzas, Personal y-Planificación Escolar,. Investigaciones y Estadísticas, Educación a la Comunidad, Comedores Escolares y División Técnica.

El Plan de Reorganización Número 4 de 1950, sobre la Reorganización de la Rama Ejecutiva, afectó la organización del nivel central. Mediante el plan se transfirieron al Departamento la Corporación de Industrias de Ciegos, el Instituto Vocacional de Adultos Ciegos, la Escuela de Artes Industriales de la Universidad de Puerto Rico, las Estaciones de Leche, los Centros de Cuidado Diurno de Niños, el Laboratorio Fotográfico, las Escuelas Libres de Música y las Bibliotecas Públicas. Este mismo año, se estableció administrativamente la Imprenta del Departamento para intensificar la producción de material didáctico.

En 1952, al proclamarse la Constitución del Estado Libre Asociado, se sustituyó el término Comisionado por el de Secretario y el de Departamento de Educación por el de Instrucción. Por mandato constitucional, se estableció el derecho a la educación gratuita en la escuela primaria, "hasta donde las facilidades del Estado lo permitan".

*Fuentes: Estructura y Funcionamiento del Departamento de Instrucción Pública de Puerto Rico (1977); Ley Orgánica del Departamento de Educación.